Puerto Limón es una parroquia rural eminentemente productiva, destaca la producción de cacao, café, plátano, siembra de yuca, maracuyá, piña y pimienta. En la parroquia una parte de la población se dedica a la ganadería, de carne y de leche.Puerto Limón es una parroquia rural eminentemente productiva, destaca la producción de cacao, café, plátano, siembra de yuca, maracuyá, piña y pimienta. En la parroquia una parte de la población se dedica a la ganadería, de carne y de leche.
La parroquia rural Puerto Limón tiene su origen en los años 60. Sus primeros habitantes provienen de la provincia de Manabí, que en aquella época a travesaba una fuerte sequía, imposibilitando la producción y forzando a su gente a buscar una nueva tierra.
Puerto Limón fue fundado como comuna el 1 de agosto de 1961 en una extensión territorial de aproximadamente 50 hectáreas comprendidas entre los ríos Peripa y Cóngoma. Toda la zona aledaña a Puerto Limón, ha sido históricamente tierras comunales de la Nacionalidad Tsáchilas, quienes han tenido que aprender a convivir con la ocupación colona.
La necesidad de tener una vía de comunicación para llevar sus productos hasta Santo Domingo, hizo que los precursores de la formación de la comuna se organizaran y empezaran a trabajar en la apertura de la vía, que se construyó con mucho esfuerzo.
El nombre la parroquia tiene su origen debido a que, en esa época, a la pequeña población llegaban compradores de madera, especialmente de boya (un árbol nativo de madera muy liviana), la misma que se transportada por la corriente del Río Peripa. La boya era recopilada a orillas del río, en un pequeño “puerto”, junto a este lugar se encontraba un árbol de limón, único en los alrededores del caudaloso río. Con el transcurrir del tiempo, y con el paso de Comuna a Parroquia, el nombre "Puerto Limón" se consolidó para este centro poblado.
La Parroquia Puerto Limón, pertenece al cantón Santo Domingo, provincia de Santo Domingo de los Tsáchilas, y se creó oficialmente mediante ordenanza expedida por el Concejo Cantonal de Santo Domingo en sesiones del 21 y 29 de enero de 1981, ratificada en sesión del 25 de abril de 1984.
Tiene una superficie aproximada de 239 Km, está ubicado a una altitud de 350 msnm. En el extremo suroccidente del Cantón Santo Domingo de los Tsáchilas a 30 Km de la cabecera cantonal.